クラミジアに感染すると男性は尿道炎、女性は子宮頸管炎、子宮付属器炎、骨盤腹膜炎などを発症します。
しかし、感染初期症状が軽く、特に女性は自覚症状が乏しいのが特徴です。しかし、症状が小さいからといって治療をしなくてよいわけではなく、クラミジア感染から不妊症や流産・早産となることもあるので充分な注意が必要です。妊婦がクラミジアに感染している場合、分娩時に産道において新生児が感染する恐れがあります。その場合、クラミジア結膜炎は生後7日以降、クラミジア肺炎は生後2ヶ月以降に発症することが多いです。
自然治癒することはほとんどなく、無治療でもかなり長い間症状の悪化は伴わず保菌状態が続く傾向があります。
性感染症の性質上、パートナーも治療を受けるのは当然です。それぞれが治療を受けたとしても別々に受けては意味がなく、同時に受けることがいわゆるピンポン感染の防止のために重要です。また、両者とも治癒確認がなされるまでは性交渉を避けることが重要です。女性あるいは男性の片方がクラミジア感染の診断を受けたが、他方が感染を確認されなかったり、陰性と診断された場合にも、両者同時に治療を受けなければなりません。