自然治癒することはほとんどなく、無治療でもかなり長い間症状の悪化は伴わず保菌状態が続く傾向があります。
性感染症の性質上、パートナーも治療を受けるのは当然です。それぞれが治療を受けたとしても別々に受けては意味がなく、同時に受けることがいわゆるピンポン感染の防止のために重要です。また、両者とも治癒確認がなされるまでは性交渉を避けることが重要です。女性あるいは男性の片方がクラミジア感染の診断を受けたが、他方が感染を確認を確認されなかったり、陰性と診断された場合にも、両者同時に治療を受けなければなりません。
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